Współpraca z partnerami zarówno krajowymi, jak i zagranicznymi odgrywa ważną rolę w rozwoju Uczelni. Ma wpływ na doskonalenie i unowocześnianie dydaktyki, jak i na podnoszenie potencjału badawczego. Uniwersytet Ekonomiczny w Krakowie aktywnie współpracuje z ok. 200 ośrodkami zagranicznymi. Po Uniwersytecie Warszawskim jest drugą uczelnią w Polsce pod względem liczby wysyłanych za granicę studentów.

Na uczelni funkcjonuje Dział Współpracy Międzynarodowej, który odpowiada głównie za współpracę Uniwersytetu z partnerami zagranicznymi.  Aktywnie działa też Biuro Programów Zagranicznych, które uruchomiło pierwszy w Polsce semestralny program ekonomiczno-biznesowy oraz studia licencjackie i magisterskie w języku angielskim. W ramach UEK działa Ośrodek Międzynarodowej Współpracy Naukowej, powołany w celu wspierania działalności Uczelni, poszczególnych jednostek organizacyjnych i pracowników w realizowaniu prac naukowych, badawczych i rozwojowych oraz projektów dydaktycznych w ramach współpracy międzynarodowej.

Uniwersytet Ekonomiczny posiada liczne umowy z uczelniami krajowymi i zagranicznymi, w zakresie wzajemnej wymiany studentów i kadry naukowo-dydaktycznej oraz współorganizowania konferencji. Prowadzona jest także ścisła współpraca z wieloma firmami, w wyniku czego powstały m.in. projekty Shell Academy, Akademia Capgemini, czy Akademia Rachunkowości Deloitte.